Juana Subercaseux nace el 14 de febrero de 1926 en Purén. Dado que su nacimiento fue ingresado con posterioridad en el registro civil, en su carnet de identidad figura el 14 de octubre de 1927 como fecha de nacimiento. Sus padres fueron Paz Larraín y León Subercaseux, ambos chilenos nacidos en Francia. León Subercaseux se desempeñó como diplomático, razón por la cual el matrimonio y sus hijos Paz, Pedro y Juana vivieron en diversos países. Así, durante su primera niñez Juana Subercaseaux residió en Bolivia y en Roma, Italia. Fue en la capital italiana donde comenzó sus estudios musicales, a los siete años de edad, como alumna de violín de la renombrada intérprete Gioconda de Vito. Posteriormente, la familia retornó a Chile, donde Subercaseaux continuó estudiando violín con Luis Mutschler. A fines de 1939 León Subercaseux fue destinado por el gobierno del presidente Pedro Aguirre Cerda a la embajada de Londres, Inglaterra, cuando ya había estallado la Segunda Guerra Mundial. En este país, Juana Subercaseux vivió durante 14 años, durante los cuales continuó sus estudios como interna de un colegio en Ascot. En este colegio recibió clases de violín por parte de docentes del Royal College of Music de Londres, institución en la cual los escolares tenían la posibilidad de rendir exámenes libres. Tras terminar el colegio, Subercaseaux continuó sus estudios superiores en el mismo Royal College of Music, donde se tituló como violinista. La estadía en Inglaterra impactaría a la intérprete no solamente por las vivencias de la Segunda Guerra Mundial, sino también por la activa vida cultural que cultivaron sus padres y que la llevó a conocer tempranamente a importantes personalidades de diversas disciplinas artísticas, entre ellas los renombrados pianistas Claudio Arrau, Dinu Lipatti y Arturo Benedetti Michelangeli, el director y compositor Leonard Bernstein, el compositor Francis Poulenc, el pintor Oskar Kokoshka, los escritores Gabriela Mistral, T. S. Eliot y Paul Valéry.
Durante la década de 1950, Juana Subercaseux retornó a Chile e ingresó – gracias a su dominio del inglés, francés e italiano – a la P. Universidad Católica de Chile en calidad de traductora del Centro de Investigaciones Económicas de la Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas, en tiempos en que se firmaba un convenio entre esta institución y la Universidad de Chicago. También trabajó en el Centro de Extensión Cultural de la misma universidad, dirigido entonces por Jaime Eyzaguirre. De manera paralela a sus actividades en la Universidad Católica, Subercaseaux fue fundadora del Conjunto de Música Antigua, creado en 1954 y que fue pionero en la interpretación históricamente informada en Chile y América Latina. En sus inicios, Subercaseaux interpretó en el ensamble la flauta dulce, a la par que se inició en la interpretación de la viola da gamba. Gracias a una Beca Fulbright, en 1958 la intérprete realizó una pasantía de un año junto al ensamble New York Pro Musica Antiqua dirigido por Noah Greenbergh, pionero en la interpretación de música medieval y renacentista. En el marco de la pasantía, Subercaseaux tomó clases de viola da gamba con Marta Blackman, integrante del ensamble, y tuvo la posibilidad de realizar visitas a archivos y bibliotecas, tomando contacto directo con partituras, instrumentos musicales y otras fuentes históricas relevantes para la música antigua. Además, participó en proyectos del ensamble como intérprete y asistió como alumna libre a seminarios de musicología dictados en la Universidad de Columbia. Todo esto contribuyó a su visión de la música como expresión de un contexto histórico-cultural más amplio, la cual se reflejaría en los programas que posteriormente lideraría en Chile. De vuelta en Chile e inspirada por los aprendizajes recibidos en Estados Unidos, Subercaseaux propuso modificaciones que llevaron a la profesionalización del Conjunto de Música Antigua, el que desde entonces se conformó por un quinteto vocal mixto y un ensamble instrumental. En esta época se integran nuevos participantes, como Sylvia Soublette, que se había integrado como cantante hacia 1955 y asumió la dirección del quinteto vocal. Otros intérpretes frecuentes fueron los flautistas Mirka Stratigopoulou y Rolf Alexander.
En 1960 el rector de la Universidad Católica, Monseñor Alfredo Silva Santiago, convocó a Juana Subercaseaux para participar en la fundación del Departamento de Música – posteriormente Instituto de Música – de la universidad, el que tendría como primer director al compositor Juan Orrego-Salas. De acuerdo con la misma Subercaseaux, habría sido Orrego-Salas quien tuvo la iniciativa de que el Conjunto de Música Antigua se integrara al recién creado Departamento de Música, como una manera de potenciar desde un comienzo la interpretación musical, lo que sucedió el mismo año de su creación. Si bien esto no implicó que el ensamble recibiera un presupuesto estable, desde entonces la agrupación realizó una intensa actividad de conciertos y, en el ámbito de la docencia, ofreció en la Universidad Católica cursos y seminarios sobre interpretación histórica para flauta dulce, viola da gamba, laúd, clavecín, canto y práctica de conjunto, contribuyendo a la formación de nuevos intérpretes de música antigua. Gracias a las gestiones de Subercaseaux, la Fundación Rockefeller realizó una importante donación a través de la cual la intérprete pudo encargar una biblioteca de partituras y diversos instrumentos musicales, entre ellos un órgano barroco, violas da gamba, vielas góticas, flautas, tambores y arpas, que se albergaron en la Universidad Católica.
Durante la década de 1960, el Conjunto de Música Antigua realizó a su vez numerosas giras internacionales, para las cuales Subercaseaux cumplió un rol importante no sólo en lo musical, sino también como gestora y organizadora. Estas giras llevaron al Conjunto a Perú (1963), Estados Unidos (1963), Europa (España, Italia, Alemania Federal, Francia, Grecia) y diversas ciudades de la Unión Soviética (ambos en 1966), Colombia, Ecuador y Perú (1967) y México (1968). Por su participación en el evento “Imagen de Chile” organizado por la embajada chilena en Washington, Estados Unidos en 1963, el Conjunto de Música Antigua recibió Medalla de Oro Elizabeth Sprague Coolidge. Por su parte, en 1966 grabaron un disco en Moscú, gracias al auspicio del Ministerio de Cultura de Rusia. En 1970, el ensamble realizó una nueva serie de conciertos en Estados Unidos y Canadá. Los dos últimos grandes proyectos del Conjunto de Música Antigua fueron concebidos artísticamente por Juana Subercaseaux: el concierto-espectáculo “El descubrimiento de América” (1974), que contó con el libreto y curatoría general de Subercaseaux y obtuvo el Premio de la Crítica de 1974 y, por último, el espectáculo musical “La historia de María” (1976) contó con un libreto y dirección musical suyos. Para estos y otros proyectos en los que se incluyó repertorio de la música colonial latinoamericana, Subercaseaux se apoyó en los trabajos de los musicólogos Robert Stevenson y Samuel Claro. El fin de este ensamble se vincula indirectamente a la compleja situación política de Chile tras el inicio de la dictadura militar en 1973, el que llevó a que diversos miembros del Conjunto de Música Antigua abandonaran el país.
Tras la emigración de Orrego-Salas a Estados Unidos, el Instituto de Música UC fue dirigido por Juan Pablo Izquierdo, Fernando Rosas y Santiago Pacheco, sucesivamente. Sin embargo, fue durante el período como directora de Juana Subercaseaux, que se extendió entre 1974 y 1989, que este instituto consolidó sus planes de estudio y amplió tanto su planta de profesores como su labor de extensión, en una nueva etapa que coincidió con el traslado del IMUC a su actual sede en el Campus Oriente en 1979. Bajo la dirección de Subercaseaux se integraron al IMUC profesoras y profesores que conformaron cátedras de renombre, entre ellos el cellista Edgar Fischer, el clarinetista Luis Rossi, las pianistas María Iris Radrigán y Frida Conn, y el violinista Sergio Prieto. La extensión artística ocupó un espacio relevante en la gestión de Subercaseaux, durante la cual funcionaron en el IMUC diversos ensambles, entre ellos la Orquesta de Cámara UC, la Orquesta Juvenil (de estudiantes), el Coro del IMUC, el Trío Arte, los dúos Ansaldi-Conn y López-Ugalde, el Coro de Estudiantes UC, el Grupo de Percusión, entre otros. Estas agrupaciones constantemente realizaron giras por diversas ciudades de Chile. A esto se sumó la creación de la Escuela Internacional de Profesores Visitantes del IMUC, gracias al establecimiento de diversos convenios con instituciones musicales extranjeras. Como docente, Subercaseaux se especializó como profesora de música de cámara y de viola da gamba, siendo la primera profesora de este instrumento en el país. Su alumna Gina Allende se convirtió en su sucesora en la cátedra de viola da gamba del IMUC. Dada su experiencia en la gestión académica, Subercaseaux fue también asesora académica del Departamento de Música de la Universidad Austral de Valdivia, de la Universidad Católica de Temuco, del Instituto de Artes de la Universidad de Concepción y del Área de Cultura del Ministerio de Educación.
Durante la década de 1970, Juana Subercaseaux fue fundadora de un nuevo proyecto musical, el Trío y posteriormente Cuarteto renacentista, en el que participó junto al guitarrista y laudista Óscar Ohlsen, la soprano Mary Ann Fones y el flautista dulce Octavio Hasbún. Subercaseaux, Fones y Ohlsen habían realizado proyectos en conjunto al menos desde 1972, cuando presentaron por primera vez el espectáculo “Una tarde isabelina” en el Goethe-Institut. El concierto contaba con una concepción escénica novedosa, la que incluía una narración a cargo de un actor inglés, además de cerveza para el público, y constituyó un éxito. El Trío renacentista se fundó en 1979, para llamarse Cuarteto renacentista en 1980 tras la incorporación de Hasbún. Los cuatro integrantes, todos docentes del IMUC, ofrecieron numerosos conciertos en Chile y en extranjero, realizando giras en Brasil, Argentina, Inglaterra, Bélgica, Alemania, Suiza, Francia, Italia e incluso China y Tailandia, siendo uno de los primeros ensambles chilenos en ofrecer conciertos en Asia. En general, en muchos festivales e instituciones, el ensamble participó como único representante de América Latina. Durante sus giras, que contaron con el apoyo de diversas embajadas chilenas, el ensamble realizó grabaciones para O Globo y la Televisión Educacional de Sao Paulo, Brasil, la BBC de Londres, la Radio Suisse Romande y la Radio y Televisión de Pekín, entre otras. El Cuarteto renacentista se disolvió en 1986, época que coincidió con una artrosis que obligaría a Subercaseaux a interrumpir su desempeño como violista da gamba para dedicarse exclusivamente a la labor académica.
En 1994, tras la muerte de su madre, Juana Subercaseaux se jubiló y se trasladó a Curacaví, en la provincia de Melipilla, donde reside en una casa diseñada por el arquitecto Teodoro Fernández y el arquitecto y escenógrafo Ramón López, ambos amigos de la intérprete. En su nuevo lugar de residencia, continuó realizando una activa labor de gestión musical, estableciendo a su vez vínculos con otros intérpretes residentes en su área de residencia. Gracias a contar con un excelente piano, organizó conciertos de cámara junto al pianista Óscar Gacitúa, junto a quien idearon un ciclo de la integral de las sonatas para piano de Ludwig van Beethoven, del que participaron numerosos pianistas chilenos, entre ellos el mismo Gacitúa, Elisa Alsina y Frida Conn, y que se realizó tanto en su propia casa – para un público de alrededor de 60 personas en formato de Hausmusik – como también de manera itinerante en otras ciudades. A su vez, organizó conciertos en colaboración con Edith Fischer y Jorge Pepi-Alós, también residentes en el sector, entre los que se contó con la participación de la Orquesta Sinfónica de Chile. Junto con eso, se vinculó activamente al desarrollo de la orquesta infantil de Curacaví y constantemente se ha dedicado a establecer redes de apoyo para ayudar a que jóvenes talentos puedan continuar sus estudios musicales.
Juana Subercaseaux falleció el 5 de junio de 2023.